生物信息基础系列(一)生物信息是什么?
生物信息基础系列(一)生物信息是什么?
最近,因为种种原因,楼主重操旧业,干起了生物信息工作,同时呢,希望能教一些新手出来。所以准备了一系列入门资料,写个笔记记录一下。
要学生物信息,那就得先知道生物信息学是什么?在1995年李霞教授主编的《生物信息学》首次给出了官方的定义:生物信息学是一门交叉学科 ,它包含了生物信息的获取、加工、储存、分配、分析、解释在内的所有方面,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。
除此之外,生物信息学还分为广义的和狭义的生物信息学,在NGS应用领域的生物信息学一般都是指狭义的生物信息学,那么广义的生物信息学是什么呢?是研究整个生命过程的相关信息。那狭义的生物信息学则是研究生物大分子(主要是核酸和蛋白质)所包含的生物信息,有时候也成为分子生物信息学。
(狭义的)生物信息学要研究的内容有很多,主要总结一下可以分为以下几类:
那么,言归正传,学习生物信息,需要掌握哪些基础知识呢,按照楼主的经验,建议要掌握生物学基础知识、计算机基础知识和统计学基础知识。
1、生物学基础知识
比较常用的生物学基础知识有遗传定律(分离定律、自由组合定律、连锁交换定律)、DNA分子结构(A-T、C-G、双螺旋、键能等)、基因结构(真核生物和原核生物有何不同?)、中心法则、密码子表、蛋白质结构和功能、PCR技术、测序技术等等。
2、计算机基础知识
绝大多数时候进行生物信息学操作,都是在linux上进行,那么linux系统的使用和操作就变得尤为重要。
其次,想要提高数据处理的效率,没有掌握一个编程语言怎么行?perl和Python因为其易学易懂的特点,被大多数生物信息学者选为主修编程语言(当然了,主修一种就行,如果你真的精力充沛、兴趣满满,也可以多掌握几种)。
最后,脚本语言shell,统计语言R,也是强烈建议掌握的。具体有啥用途,后面我们慢慢道来。
3、统计学基础知识
做生信的人,都有一种想要自己写算法,做软件的愿望,那实现这个愿望,必不可少的一个知识点——统计学,是必须要掌握的,至少掌握一些常用的统计学模型吧。参数统计、非参数统计的应用场景,概率论、线性代数的使用都是有助于生物信息学工作的。
介绍了那么多,有些小伙伴会问楼主,生物信息有啥好的,我为啥要学呢?
在NGS技术应用领域,NGS产生的数据成千上万,全都是ATCG...的碱基,称之为天书也不为过吧,那想要看懂这些数据代表的意义,生物信息工作就起到了重要作用。
当然,有些小伙伴最后没能成为生物信息工作者,但是他学会了编程,编程会不会使我们日常的工作中处理文本更加高效呢,答案不言而喻了。
有些小伙伴学成出师,做起了生物信息学工作,那他多了一技傍身,在NGS技术应用领域,根据楼主多年的招聘经历,同水平/同年资的生物信息工作者薪资要高于同水平/同年资的湿实验工作者(也许是物以稀为贵吧)。自然而然,会生物信息工作的小伙伴将会在众多小伙伴中更加的耀眼。
好了,让我们开启生物信息的学习旅程,下节给大家带来Linux系统常用命令介绍。
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